Rで作る論文の図（ggplot2）〜その②〜

はじめに
ggplot2で図の細かい調整をやってみよう
いろいろなプロットがあります

はじめに

前回に続いて、ggplot2での作図をご紹介します。

全て検証済みですのでそのまま使えます。

ggplot2で図の細かい調整をやってみよう

引き続き、「iris」のデータセットを使っていきます。

library(ggplot2)
x <- read.csv("iris.csv",header=T)

themeで細かい調整ができます。

g <- ggplot(x, aes(x = variety, y = sepal.length, fill = variety, color = variety))
g <- g + geom_boxplot(size = 1, alpha = 0.5)
g <- g + theme_linedraw(base_size = 5, base_family = "Helvetica",base_line_size = 1.3)
g <- g + labs(title = "iris", x = "", y = "sepal.length")
g <- g + theme(plot.title = element_text(size = 40, face = "bold.italic"),
　　　　　　　　　　　　　　axis.title = element_text(size = 30, face = "italic"),
　　　　　　　　　　　　　　axis.text = element_text(size = 25),
               axis.line = element_line(color = "black", size = 0.5),
               panel.grid.major = element_line(color = 'grey', size = 0.3),
               panel.grid.minor = element_blank(),
               panel.background = element_rect(fill = "white", color = "black", size = 0.5),
               legend.direction = "horizontal",#vertical
               legend.position = "bottom", #none, left, right, top, c(x座標,y座標) 
               legend.background = element_rect(fill = "white", color = "black"), 
               legend.title = element_text(size = 20, face="bold"),
               legend.text  = element_text(size = 20),
              )
g <- g + scale_y_continuous(limits = c(4,8), breaks=seq(4,8,0.5))
plot(g)

「plot.title」で図のタイトルの調整です。サイズの指定をし、イタリック体、太字にしてみました。

「axis.title」で軸のタイトル（ラベル）の調整です。

「axis.text」で軸の目盛りの調整ができます。サイズのみ調節しました。

「axis.line」で軸の線の調整ができます。色とサイズを指定しました。

※axisは、axis.○○.xもしくはaxis.○○.yとすることでx軸、y軸別で調整することも可能です。

「panel.grid.major」と「panel.grid.minor」でグリッド線の調整です。

「panel.background」で図の背景の調整です。ここでは、「element_rect」で調整しています。rectがrectangle(長方形)の略です。長方形内部と辺の色、辺のサイズを指定しました。

「legend.direction」はレジェンドの並びの向き、「legend.position」がレジェンドの配置される位置です。
「legend.background」は背景、「legend.title」がレジェンドのタイトル、「legend.text」がレジェんんどの要素についてです。

加えて、「scale_y_continuous」で軸の範囲と目盛りの間隔も調整しました「scale_x_continuous」にすればx軸も調整できます。ここではxは関係ないのでやっていません。

いろいろなプロットがあります

ヒストグラム

g <- ggplot(x, aes(x = sepal.length, fill = variety))
g <- g + geom_histogram(bins =10, size = 1, alpha = 0.7)　+ scale_fill_brewer(palette = "Set1")
g <- g + theme_linedraw(base_size = 20, base_family = "Helvetica",base_line_size = 1)
g <- g + labs(title = "iris", x = "sepal.length", y = "")
plot(g)

「scale_fill_brewer」で色も変えてみています。「scale_fill_manual」でさらに細かく指定可能です。

バイオリンプロット

g <- ggplot(x, aes(x = variety, y = sepal.length, fill = variety, color = variety))
g <- g + geom_violin(size = 0.5, alpha = 0.7)
g <- g + theme_linedraw(base_size = 20, base_family = "Helvetica",base_line_size = 1.3)
g <- g + labs(title = "iris", x = "", y = "sepal.length")
plot(g)

あまり使いませんが、おしゃれな雰囲気。

散布図その②

g <- ggplot(x, aes(x = variety, y = sepal.length, color = variety, shape = variety))
g <- g + geom_jitter(size = 3, alpha = 1)
g <- g + theme_classic(base_size = 20, base_family = "Helvetica",base_line_size = 0.5)
g <- g + labs(title = "iris", x = "", y = "sepal.length")
plot(g)