脳画像ビューワーの導入について

はじめに
Mango
FSL (FSLeyes)

はじめに

脳画像の研究を始めるにあたって、脳画像を実際に見る必要性があると思います。

機械・深層学習をするにあたって、「ローデータ（生データ）」を確認することは重要であり、その場合はPythonで2次元でプロットすることもできますが、脳画像のビューワーを使うと便利です。

ここでは脳画像を見るためのViewerの導入について解説します。

特に私のおすすめである「Mango」と「FSL」についてご紹介します。

Mango

「Mango」はテキサス大学で開発されたソフトウェアで、私の印象としては起動が早く、使い易いのが特徴です。

https://mangoviewer.com/

デスクトップだけでなく、ブラウザやアプリも提供されています。

Mango – Desktop – Mac OS X, Windows, and Linux
Papaya – Browser – Firefox, Chrome, Safari and IE
iMango – Mobile – Apple iPad

以下のリンクからインストーラーを入手して進めてください。

https://mangoviewer.com/mango.html

パッケージを開き、手順に沿ってインストールしていきます。

迷うことなく進めていくとインストールできます。

インストールアプリケーションから Mango を起動し、Mangoのメインメニューが出ればインストール完了です。

簡単！

FSL (FSLeyes)

「FSL」はオックスフォード大学で開発されたソフトウェアで、多彩なツールがありfMRI、sMRI、DTIなどの様々な解析ができるのが特徴です。

FSL - FslWiki

macOS、Linux (Centos または Debian/Ubuntu) 、Windows (Windows Subsystem for Linux (WSL) を介してサポートされています)

まずは、「XQuartz」をインストールしておく必要があります。

以下のリンクからダウンロード、インストールします。

XQuartz - XQuartz 2.8.5

「R」などですでにインストールしている場合はスキップします。

次に、以下のリンクからFSLのインストーラーを入手します

https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads/fslconda/releases/fslinstaller.py

※リンクが変わり修正しました。（2024年10月）

「fslinstaller.py」をダウンロードしたディレクトリに移動し、自分の環境のPythonでインストールしていきます。

% python fslinstaller.py 
% python2 fslinstaller.py 
% python3 fslinstaller.py curl 
% https://some_url/fslinstaller.py | python

以下のように進んでいきます。

% python3 fslinstaller.py
FSL installer version: 3.4.2
Press CTRL+C at any time to cancel installation
Installation log file: /var/folders/3g/7fpt2lpj76z55_lw8hjd449r0000gn/T/fslinstaller_2pbi2q8a.log

FSL 6.0.6.4 selected for installation

Where do you want to install FSL?
Press enter to install to the default location [/Users/home/fsl]

インストールが終わったら確認をしていきます。

ターミナルから開いて確認します。